离体时间和冻存时间对生物样本库乳腺癌和食管癌冰冻组织样本RNA质量的影响

郑仰思, 林旋豪, 李帆, 肖坤胜, 陈锡丰, 刘春鹏, 姚佩秀, 王少洪

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复旦学报（医学版） ›› 2025, Vol. 52 ›› Issue (03) : 437-445. DOI: 10.3969/j.issn.1672-8467.2025.03.015
方法技术

离体时间和冻存时间对生物样本库乳腺癌和食管癌冰冻组织样本RNA质量的影响

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Impact of ischemia time and storage periods on RNA quality of fresh-frozen breast cancer and esophageal cancer tissue samples in biobank

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摘要

目的 探讨离体时间和冻存时间对乳腺癌和食管癌冰冻组织样本RNA质量影响，为生物样本库建立科学规范的样本处理流程和质量控制标准提供理论依据。 方法 采集6例乳腺癌患者和6例食管癌患者的肿瘤组织及其配对正常组织样本，冷冻保存于汕头市中心医院生物样本库。同时采集镜像组织制备石蜡切片进行形态学分析。根据样本离体时间分为<15 min组和15~30 min组，在冻存8~10个月（T1）、14~16个月（T2）、26~28个月（T3）和38~40个月（T4）4个时间点对样本进行RNA质量分析。 结果 共检测96份组织样本，RNA完整性指数（RNA integrity number，RIN）≥6的高质量样本占93.8%（90/96），乳腺癌组高质量样本占89.6%（43/48），食管癌组高质量样本占97.9%（47/48）。乳腺癌组与食管癌组样本RIN值的差异有显著统计学意义（8.050 vs. 8.600，P=0.009）。在食管癌组样本中，RIN值与RNA产量显著负相关（P<0.001），且肿瘤组织与正常组织RIN值的差异有显著统计学意义（7.550 vs. 9.000，P<0.001），而乳腺癌组样本中肿瘤组织与正常组织RIN值的差异无统计学意义（8.200 vs. 7.700，P=0.348）。RIN值与28S/18S显著正相关（P<0.001），其与肿瘤细胞百分比（P=0.676）和坏死细胞百分比（P=0.055）不相关。离体时间（<15 min和15~30 min：8.200 vs. 8.300，P=0.932）和冻存时间（T1~T4：8.400、7.700、8.450和8.600，P=0.163）均不会对组织样本RIN值产生影响。 结论 不同器官来源和不同组织类型的冰冻组织样本RNA质量存在差异性，有限的离体时间（≤30 min）和中长期冻存（38~40个月）对乳腺癌和食管癌冰冻组织样本RNA质量不会产生不利影响。

Abstract

Objective To investigate the effects of ischemia time and storage periods on RNA quality in fresh-frozen breast cancer （BC） and esophageal cancer （EC） tissue samples in order to establish evidence-based protocols for biobank sample management. Methods The tumor （T） and paired normal （N） tissue samples from 6 cases of BC and 6 cases of EC were collected and cryopreserved in Biobank， Shantou Central Hospital. Mirror paraffin-embedded tissues were simultaneously prepared into sections for morphological analysis. The samples were divided into two groups of <15 min and 15-30 min according to ischemia time， and RNA quality was analyzed at 4 storage periods of 8-10 months （T1）， 14-16 months （T2）， 26-28 months （T3） and 38-40 months （T4）. Results In 96 analyzed samples， 93.8% （90/96） exhibited high quality （RIN≥6）， with 89.6% （43/48） in BC and 97.9% （47/48） in EC. Significant differences in RIN were observed between BC group and EC group （8.050 vs. 8.600， P=0.009）. In EC group， RIN value was significantly negatively correlated with RNA yield （P<0.001）. Moreover， RIN values of tumor-normal pairs exhibited markedly significant differences （7.550 vs. 9.000， P<0.001）. In contrast， no significant difference was detected in BC group （8.200 vs. 7.700， P=0.348）. Statistical analysis showed that RIN value was positively correlated with 28S/18S （P<0.001）， but had no correlation with tumor content （P=0.676） and necrotic content （P=0.055）. Neither ischemia time （<15 min vs. 15-30 min： 8.200 vs. 8.300， P=0.932） nor storage periods （T1-T4： 8.400， 7.700， 8.450， 8.600， P=0.163） compromised RNA quality. Conclusion Organ origin and tissue type could influence RNA quality of fresh-frozen tissue samples. However， limited ischemia time （≤30 min） and long-term storage period （38-40 months） do not adversely affect RNA quality in fresh-frozen breast cancer and esophageal cancer tissue samples.

关键词

生物样本库 / RNA质量 / 离体时间 / 冻存时间 / 乳腺癌 / 食管癌

Key words

biobank / RNA quality / ischemia time / storage periods / breast cancer / esophageal cancer

中图分类号

R-331

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郑仰思 , 林旋豪 , 李帆 , 等. 离体时间和冻存时间对生物样本库乳腺癌和食管癌冰冻组织样本RNA质量的影响. 复旦学报（医学版）. 2025, 52(03): 437-445 https://doi.org/10.3969/j.issn.1672-8467.2025.03.015
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作者贡献声明

郑仰思 实验设计和执行，数据整理和分析，论文撰写和修订。林旋豪 实验指导，图表制作。李帆，肖坤胜 样本采集和保存。陈锡丰，刘春鹏 病理制片和诊断。姚佩秀 数据整理和分析。王少洪 论文指导。

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