为了降低铁路运行能耗，通过仿真分析不同开行方案对运行能耗产生的影响，对车流进行合理有效的组织和优化，使得总能耗最小。据此，以车流组织时间消耗、铁路运输成本和铁路列车运行能耗最小为目标，建立优化模型，并针对模型特点，设计了基于优势基因结构的微进化算法(MEA),并进行求解。结果表明，所提出的考虑节能的铁路货物列车开行方案优化模型能够在有效降低列车运行能耗、减少车流组织时间消耗的同时降低总费用，具有更优的综合效益，所提算法相比于传统遗传算法(GA)也具有更好的求解质量和求解效率，研究结果能够为铁路绿色运营提供新思路。