目的：探讨人工智能（AI）工具辅助科研工作对医学硕士研究生科研创新能力的影响。方法：采用一般资料调查表、AI工具辅助科研问卷、科研效能感量表、批判性思维能力量表和科研创新能力量表，对安徽省4所医学本科高校的医学硕士研究生713人进行横断面调查。结果：使用过AI工具辅助科研的医学硕士研究生占比87.66%(625/713)，其中使用AI工具辅助科研频次从很少使用到频繁使用依次占比10.56%(66/625)、21.92%(137/625)、44.16%(276/625)、16.16%(101/625)和7.20%(45/625)；使用AI工具辅助科研的熟悉程度从非常不熟悉到非常熟悉依次占比4.48%(28/625)、11.52%(72/625)、50.08%(313/625)、27.20%1(70/625)和6.72%(42/625)。与未使用过AI工具辅助科研的医学硕士研究生相比，使用过AI工具者科研效能感、批判性思维能力和科研创新能力均明显提升（P<0.01）。相关分析显示，AI辅助科研使用情况与科研效能感、批判性思维能力、科研创新能力之间均呈两两正相关关系（P<0.01）。结构方程模型和中介效应检验结果显示，科研效能感和批判性思维能力在使用AI工具辅助科研和科研创新能力之间起链式中介作用，中介效应占总效应的42.08%。结论：使用AI工具辅助科研有助于提升医学硕士研究生科研创新能力，实现技术赋能，医学硕士研究生使用AI辅助科研的广度和深度需进一步挖掘。