APOBEC3G对HBV复制的影响及转录组学分析

周未平, 刘光焱

蚌埠医科大学学报 ›› 2024, Vol. 49 ›› Issue (11) : 1411-1416. DOI: 10.13898/j.cnki.issn.1000-2200.2024.11.001

APOBEC3G对HBV复制的影响及转录组学分析

  • 周未平, 刘光焱
作者信息 +
History +

摘要

目的:基于转录组测序和生物信息学分析对(APOBEC)亚家族(APOBEC3G A3G)参与抑制乙型肝炎病毒(HBV)复制的潜在分子机制及下游信号通路预测。方法:将A3G与HBV的表达质粒(A3G组)、GFP与HBV的表达质粒(HBV组)以及空载质粒(Vector组)分别转染于Huh7细胞中,3 d后收集细胞并提取RNA进行转录组测序,检测样本中mRNA的表达情况。采用DESeq软件对基因的表达水平进行差异分析筛选出差异表达基因,通过对差异基因进行GO富集分析和KEGG通路富集分析,确定差异基因行使的主要功能和参与的通路,同时依据STRING数据库进行蛋白质-蛋白质互相作用(PPI)分析,构建蛋白互作网络,以寻找目的基因之间的相互关系及关键节点蛋白。结果:A3G组和HBV组相比,筛选出21个显著差异基因;GO富集分析显示的项目包括脂蛋白B mRNA编辑酶复合物的形成、EH结构域的结合、中胚层细胞命运规范的BMP信号传导途径等;KEGG通路富集分析显示可能与内吞作用和坏死相关;PPI网络发现了NOXA1、LSM10、RNF103-CHMP3等5个关键蛋白及其互作蛋白。HBV组和Vector组相比,筛选出42个显著差异基因;GO富集分析显示的项目包括离子通道活性、多种酶活性和膜成分等相关;KEGG通路富集分析显示与多种物质的代谢反应和p53信号传导等相关;PPI网络发现了UBD、CCND3、RHOD等15个关键蛋白及其互作蛋白。结论:通过转录组测序和生物信息学分析,探究A3G抑制HBV复制的潜在下游分子,丰富了A3G抑制HBV复制的机制研究。

关键词

乙型肝炎病毒 / 载脂蛋白B mRNA编辑酶催化多肽样蛋白 / 转录组测序 / 生物信息学分析

中图分类号

R373.21

引用本文

导出引用
周未平, 刘光焱. APOBEC3G对HBV复制的影响及转录组学分析. 蚌埠医科大学学报. 2024, 49(11): 1411-1416 https://doi.org/10.13898/j.cnki.issn.1000-2200.2024.11.001

基金

国家自然科学基金资助项目(81702856); 辽宁省沈阳市中青年科技创新人才支持计划项目(RC210215); 辽宁省教育厅科学研究经费项目(青年项目)(LJKQZ2021176); 辽宁省科技计划面上项目(2022-MS-409); 沈阳医学院硕士研究生科技创新基金项目(Y20220508)

评论

Accesses

Citation

Detail

段落导航
相关文章

/