目的：探讨惠州地区儿童患者中三代头孢菌素耐药沙门菌的耐药表型及耐药基因分布特点。方法：选择2022年1月至2023年12月惠州市第一妇幼保健院经细菌培养证实为沙门菌感染的511例患儿，对分离到的沙门菌进行药敏试验，筛选出对三代头孢菌素耐药的沙门菌，采用宏基因组二代测序（mNGS）对筛选出的三代头孢菌素耐药沙门菌进行耐药基因检测。结果：共分离出31株沙门菌对三代头孢菌素耐药，其中对头孢曲松、头孢他啶、头孢吡肟产生耐药的分别有31株（100%）、16株（51.61%）、13株（41.94%）;31株三代头孢菌素耐药沙门菌中主要以鼠伤寒沙门菌为主，占67.74%，其他血清型分别是肠炎沙门菌、纽兰沙门菌、都柏林沙门菌、未分型沙门菌分别占3.23%、6.45%、3.23%、19.35%;31株沙门菌中30株检出了产超广谱β-内酰胺酶（ESBL）耐药基因，检出率为96.77%，其中blaCTX、blaOXA、blaTEM分别有22株（73.33%）、16株（53.33%）、25株（83.33%）。结论：惠州地区儿童患者中三代头孢菌素耐药沙门菌主要以鼠伤寒沙门菌血清型为主，携带的ESBLs耐药基因以blaTEM和blaCTX为主，且耐药基因呈多样性，应继续强化临床分离株的耐药表型与耐药基因监测。