目的 探讨持续短阵脉冲刺激（cTBS）治疗脑卒中的疗效及对脑功能的影响。方法 选取2023-01—10南京市第一医院收治的脑卒中患者116例，均存在单侧运动功能障碍，随机分为2组各58例，分别给予cTBS治疗（cTBS组）与假刺激干预（假刺激组），比较2组治疗前后神经电生理、脑电图、颅内血流动力学、血清指标，采用NIHSS量表、Fugl-Meyer量表评估神经功能缺损程度与运动功能。结果cTBS组临床疗效高于假刺激组（P<0.05）。治疗后cTBS组患侧运动诱发电位振幅高于假刺激组，中枢运动传导时间低于假刺激组（P<0.05）,δ/α值、脑对称指标低于假刺激组（P<0.05），患侧大脑中动脉收缩期峰值血流速度、舒张期峰值血流速度、平均血流速度高于假刺激组（P<0.05），神经营养素-3、神经生长因子水平高于假刺激组，内皮素、脑特异性蛋白低于假刺激组（P<0.05）,NIHSS评分低于假刺激组，FMA评分高于假刺激组（P<0.05）。结论 cTBS可显著改善脑卒中偏瘫患者脑电活动、颅内血液循环及生物标志物水平，有效促进神经功能与运动功能恢复。