目的 探讨不同频率重复经颅磁刺激（r TMS）联合生物反馈治疗难治性儿童抽动障碍对血清脑源性神经营养因子（BDNF）、中枢神经特异性蛋白（S-100β）水平的影响。方法 选取2018-01—2022-06在潍坊医学院附属医院门诊就诊的120例抽动障碍患儿，依据随机数字表法分为高频组（1 Hz rTMS联合生物反馈治疗，60例）和低频组（0.5 Hz rTMS联合生物反馈治疗，60例）。比较2组患儿的耶鲁综合抽动严重程度量表（YGTSS）评分、注意力缺陷多动障碍筛查量表（SNAP-Ⅳ）评分、认知功能评分、血清BDNF和S-100β水平、平均血流速度（Vm）、收缩期最大血流速度（Vs）、血管阻力指数（RI）、治疗效果和不良反应。结果 高频组总有效率显著高于低频组（P<0.05）。治疗后高频组YGTSS评分、SNAP-Ⅳ评分低于低频组，认知功能评分高于低频组（P<0.05）；血清BDNF水平显著高于低频组，S-100β水平显著低于低频组（P<0.05）;Vm、Vs水平高于低频组，RI水平低于低频组（P<0.05）。高频组不良反应总发生率为10.00%，与低频组的6.67%比较差异无统计学意义（P>0.05）。结论 高频rTMS联合生物反馈对难治性抽动障碍患儿血清BDNF、S-100β水平的改善效果优于低频r TMS联合生物反馈治疗。