复杂机电系统的功能分析长期以来主要关注物理子系统实现的连续物理变换，忽略了软件子系统控制的物理过程之间的复杂执行顺序。针对这一挑战，提出了一种软件与物理统一的形式化功能表征与分析方法。对基于流的功能表示方法进行扩展，形成软件与物理统一的形式化功能表征。在此基础上，提出一种基于规则的功能分解方法，支持软件与物理混合功能的自动分解。以移动机器人系统为例，展示了软件与物理统一的功能分析过程。