目的 分析上海某三级综合医院新生儿病房不同来源新生儿细菌主动筛查结果，为新生儿感染预防与控制提供依据。方法 回顾性收集该院新生儿病房2017—2023年所有新生儿入院时主动筛查的监测结果，对比分析产科入院及社区入院新生儿细菌检出变化。结果 2017—2023年入院新生儿共有4 265例，其中产科来源3 339例(产科来源组)、社区来源926例(社区来源组),主动筛查分别有490、572例新生儿检出细菌。产科来源组新生儿细菌检出率低于社区来源组(14.68%VS 61.77%,P<0.001);社区来源组新生儿咽部、脐部细菌检出率均高于产科来源组(均P<0.001);产科来源组、社区来源组新生儿脐部细菌检出率均高于咽部(均P<0.001)。共检出菌株1 348株，产科来源组新生儿大肠埃希菌、表皮葡萄球菌、粪肠球菌、无乳链球菌及鲍曼不动杆菌检出率高于社区来源组(均P<0.05),产科来源组新生儿金黄色葡萄球菌、阴沟肠杆菌检出率低于社区来源组(均P<0.05)。66例新生儿检出多重耐药菌(MDRO),其中产科来源组14例，社区来源组52例；63例新生儿检出耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(MRSA)。社区来源组新生儿MDRO和MRSA检出率均高于产科来源组(均P<0.001);是社区来源组新生儿脐部MDRO检出率高于咽部(P<0.001)。结论 产科来源组新生儿检出细菌主要是大肠埃希菌，社区来源组新生儿检出细菌主要为金黄色葡萄球菌。新生儿MDRO以MRSA为主，应加强对社区入院新生儿的细菌筛查，预防和控制MDRO尤其社区获得性MRSA在新生儿病房中的传播。