目的 探究新型冠状病毒感染大流行前后上海市部分医疗机构重症监护病房(ICU)环境中病原菌的分布及鲍曼不动杆菌同源性变化情况。方法 采用基质辅助激光解析电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)法分离鉴定病原菌，通过Illumina Miseq测序平台对鲍曼不动杆菌进行全基因组测序，基于多位点序列分型(MLST)和核心基因组MLST(cgMLST)探讨其亲缘关系。结果 大流行后ICU环境中病原菌总检出率(6.10%,101/1 656)低于大流行前(10.77%,181/1 680;P<0.05)。大流行前后，ICU环境中检出的鲍曼不动杆菌在被褥表面占比均维持在最高水平，但大流行后ST型呈多样性分布。MLST＿Pasteur结果显示，162株鲍曼不动杆菌分为20种ST型，以ST2(80.25%,130株)为主；MLST＿Oxford结果显示，162株菌株共有19种ST型，以ST208(37.04%,60株)为主；基于cgMLST的聚类分析结果显示，大流行后ST208＿Oxford与ST540＿Oxford和ST369＿Oxford的亲缘关系更接近，ST164＿Pasteur克隆由大流行前的ST234＿Oxford转变为大流行后的ST1418＿Oxford,新发现2种新型ST＿Pasteur和11种新型ST＿Oxford。结论 大流行后ICU环境中病原菌检出率低于大流行前，大流行前后相同分离位点ST型分布略有不同，大流行前后的流行克隆仍以ST2＿Pasteur/ST208＿Oxford为主，但部分等位基因发生了改变，cgMLST在同源性分析、进化与传播、暴发分析方面的精确度优于MLST＿Oxford和MLST＿Pasteur。