为探究健康樟子松天然林和不同地区樟子松枯梢病林下土壤真菌多样性差异，以红花尔基自然保护区樟子松健康天然林为对照，红花尔基自然保护区樟子松天然林、泰来县和章古台人工林中的感病樟子松为研究对象，采用lllumina Miseq高通量测序技术分析不同樟子松林地土壤真菌群落组成。结果表明，来自3个地区的4组樟子松林下土样中，总共获得5 564个真菌扩增子序列变异体（Amplicon Sequence Variant,ASV），其中担子菌门（Basidiomycota）和子囊菌门（Ascomycota）的相对丰度较高；不同地区不同土壤深度的优势属丰度及种类存在差异，健康天然林表层土壤真菌优势属为糙缘腺革菌属（Amphinema）,0～10 cm和10～20 cm深土壤真菌优势属为丝膜菌属（Cortinarius）；感病樟子松林下土壤中，天然林表层、0～10 cm和10～20 cm深土壤真菌优势属分别为木霉属（Trichoderma）、篮状菌属（Talaromyces）和乳牛肝菌属（Suillus），泰来县人工林表层、0～10 cm和10～20 cm深土壤真菌优势属分别为Delastria属、假裸囊菌属（Pseudogymnoascus）和Sagenomella属，章古台人工林表层土壤真菌优势属为Knufia属，0～10 cm和10～20 cm深土壤真菌优势属均为假裸囊菌属。此外，感病人工林土壤真菌群落中的植物病原菌占比分别为2.63%、5.04%，远低于感病天然林（8.77%）和健康天然林（8.11%）。人工林土壤真菌群落中的外生菌根含量低于天然林。推测人工林由于其树种的单一性导致外生菌根真菌丰富度较低，使得樟子松的抗病性较差。