农村废物处理成本核算对农业农村发展的可持续性至关重要。但中国热带农村地区的全链条技术途径和经济成本分析的一手公开资料极少，这限制了农村废物综合管理途径的评估。本研究以海南省保亭黎族苗族自治县三道镇为例，基于全生命周期法开展不同技术情景下的废物处理成本核算。结果表明，三道镇生活固体废物集中处理成本为941.32万元·a^-1，农村家庭厨余废物处理成本为472.74万元·a~(^-1)；农作物秸秆处理成本为330.28万元·a^-1，果园修剪残枝的处理成本为51.47万元·a^-1。全镇39%的生活废水通过规模化集中系统处理，成本为318.5万元·a^-1；约60%废水经过自然村的分布式污水处理系统后排入水环境，成本为827.13万元·a^-1；仅1%生活废水当作肥料还田利用，成本约3.77万元·a^-1。在经济成本和环境效益综合分析基础上，建议从人员配置、工作效率、新能源运输等方面提高生活废物处理的效益；加强秸秆的资源回收利用和污水的有机肥还田处理技术是综合最优的方法。本研究不仅为国内外废物处理技术的经济成本研究提供了科学依据，还为流域生态补偿政策的实施提供了量化支持，提出了优化补偿机制的建议，旨在促进农村的可持续发展，推动生态环境保护与经济效益的双赢。