为了揭示水椰（Nypa fruticans）幼苗在低光照水平下的生理响应与转录组的差异变化，本研究通过遮荫试验，探究了水椰幼苗在低光照水平（CK为自然光强100%、Z1为自然光强30%、Z2为自然光强20%）下的生理变化和转录组表达差异。结果表明：低光照水平下水椰幼苗在40 d时，ZI的超氧化物歧化酶（SOD）活性比CK高57.1%,Z2比CK高62.1%,ZI的过氧化物酶（POD）活性比CK高41.2%,Z2比CK高35.7%,ZI的丙二醛（MDA）含量比CK低42.6%,Z2比CK低32.9%,ZI的叶绿素（Chl）含量比CK低61.1%,Z2比CK低70.3%，可溶性蛋白（SP）含量稳定无显著差异，ZI的根冠比比CK低57.6%,Z2比CK低48.1%。水椰幼苗在低光照水平的情况下，在10 d左右通过提升抗氧化酶活性、增加叶面积、侧根生长等方式来适应光照强度不足的环境变化。若是光照更弱，水椰会通过提高光吸收率和调节生长激素水平来适应环境变化。