本研究基于Illumina高通量测序，对比分析患焦枯病与健康桉树林分土壤真菌群落组成与结构，旨在揭示焦枯病病原Calonectria（丽赤壳属）与其他真菌的相互关系，为开发生防菌提供理论依据。结果表明：（1）12个土壤检测样本经注释共得到2 817个真菌ASVs，归类为12个门、421个属和614个种。（2）患焦枯病与健康桉树林分土壤真菌Alpha多样性无显著差异，其优势门一致；在丰度值前5的优势属上丰度最高的属均为unclassified＿k＿Fungi，其次均为Saitozyma（原隐球菌属）其他3个属则各不同。（3）患焦枯病与健康桉树林分土壤真菌含量的差异分析和病原菌Calonectria的相关性分析表明，Thelephora（革菌属）在正常林分中丰度第5，且其在正常林分土壤的含量极显著高于染病林分，可作为焦枯病的拮抗菌；Temitomyces和Xyladictyochaeta均是染病林分显著高于正常林分（P <0.05），可作为备选生防菌；Calonectria与Ophiocordyceps（线虫草属）呈负相关，同时Ophiocordyceps是常见生防菌，也可为焦枯病的生防菌的备选。研究结果揭示了焦枯病病原菌Calonectria在桉树土壤真菌中占着相对较少的比例，但其致病力仍可导致桉树发生病害；研究结果为开发桉树焦枯病生防菌及拮抗菌提供了理论支持。