为了研究在金钗石斛菌根中发现的菌根真菌和内生细菌自然组合、难以分离这一现象，通过分离、筛选和鉴定，获得三组人工可培育、分离的菌根真菌与内生细菌的自然组合，并通过共培养试验与功能性测定对组合之间的共生关系和共生机理进行了探究。结果表明：G2和G8都是芽孢杆菌属（Bacillus）和茄病镰刀菌（Fusarium solani）的共生组合，而G17同样是芽孢杆菌属（Bacillus）与间座壳菌（Diaporthe phaseolorum）。G2和G17组合之间具有拮抗关系，总生长量增加，G8组合无拮抗关系，两者相互促进。G2和G17组合中真菌均具有强解纤维素能力，透明圈直径分别达到了27.62 mm和21.52 mm，同时细菌具有固氮能力，分别为1.69μg·mL^-1和1.68μg·mL^-1。强解纤维素能力和固氮能力共同作用于G2和G17组合之间的拮抗关系；G8组合中真菌溶液中水解磷含量最低，细菌解磷能力最强，达到了39.07 mg·kg^-1，功能方面存在互补关系。因此，自然共生组合其共生关系存在互补、促进及抑制等多种形式，且功能与共生关系存在相关性。