植物甾醇是一类植物中保守的天然化合物，参与植物的生长发育过程，还具有降低胆固醇和预防心血管疾病等药理学功能，对人类健康具有重要价值。目前，水稻（Oryza sativa）中植物甾醇合成相关基因尚未被完全解析，这阻碍了高植物甾醇水稻品种的创制进程。为了进一步挖掘水稻中与植物甾醇合成相关的基因，使用液相色谱-质谱联用仪，对533份水稻品种中的3种主要植物甾醇（菜油甾醇、豆甾醇和β-谷甾醇）的含量进行了精确测定。在此基础上，利用代谢组全基因组关联分析定位并克隆了水稻OsSMT1基因。进一步的体外重组蛋白酶活实验和烟草瞬时表达实验，证实了该基因编码的蛋白具有催化植物甾醇生物合成中关键中间体24-亚甲基环阿屯醇合成的活性。