为查明三亚蜈支洲岛热带海洋牧场海域浮游生物群落结构特征，并进一步基于群落特征指标对该海洋牧场海域的水质进行评价，于2020年6月（夏季）、11月（秋季）和2021年1月（冬季）、4月（春季）、8月（夏季）分别对蜈支洲岛近岛及远岛海域12个站位的浮游动植物及环境因子进行了5个航次的调查。研究结果表明，海区共有浮游植物5门217种，以硅藻门（116种）和甲藻门（97种）为主，年平均丰度为2.53×10～6个·m^-3；浮游动物8门187种，以节肢动物门种类最多（118种），年平均丰度为1.83×10～3个·m^-3。春季浮游动植物群落多样性指数（H’）、均匀度指数（J）和丰富度指数（d）均较高，生态系统结构稳定。聚类分析结果表明，浮游动物和浮游植物群落季节差异显著但不同区域之间未见显著差异，人工鱼礁投放初见成效。此外岛北近岛区频繁的旅游活动一定程度上影响了浮游生物群落结构，且对水环境质量产生了潜在的负面影响，但基于生物多样性指数的评价结果表明蜈支洲岛海洋牧场海域水质优良，为寡污或无污类型。本研究结果将为蜈支洲岛海洋牧场生态系统健康评价及未来建设和发展提供可参考的数据支持。