为了揭示酸性稻田全程、半程氨氧化菌对增氮的响应与敏感性差异，通过盆栽实验，设置施加氮肥处理，测定分蘖期、抽穗期、成熟期全程及半程氨氧化菌的丰度，比较全程、半程氨氧化菌对施肥的响应敏感性。结果表明：未施肥与施肥情形下，分蘖期、抽穗期、成熟期土壤氨氧化菌的优势种群均为全程氨氧化菌(Clade A:3.24×10～8～7.24×10～8 copies·g^-1,Clade B:2.14×10～8～1.48×10～9 copies·g^-1)而非半程氨氧化菌(AOA:2.00×10～7～4.37×10～7 copies·g^-1,AOB:1.35×10～7～3.31×10～7 copies·g^-1)。施肥的主效应（Clade A:P=0.762,Clade B：氮素利用率=0.398）、生育期的主效应（Clade A:P=0.264,Clade B:P=0.237）、施肥与生育期的交互效应（Clade A:P=0.316,Clade B:P=0.294）均不显著，即全程氨氧化菌两大分支A和B季节变化并不显著，二者对尿素施加的响应并不敏感。未施氮肥与施加氮肥的情形下全程氨氧化菌丰度的环境调控因子可能有所不同。未施氮肥情形下，全程氨氧化菌的2个分支A（Clade A:R=-0.73,P=0.027）和B（Clade B:R=-0.75,P=0.019）的丰度均与土壤总氮含量呈负相关，预示着无外源性氮输入情形下，全程氨氧化菌的生长受土壤有机氮、氨化作用和游离氨负向调控。施加氮肥情形下，全程氨氧化菌尤其是分支A的丰度可能更多地受土壤p H、氧化还原电位（Eh）及NH₄⁺-N含量的影响。氮肥的施加显著影响全程、半程氨氧化菌的群落共变性，致使Clade B丰度与AOA、AOB丰度的正向共变趋势消失。