为了探究不同虫黄藻的种间差异及其生理特点，从南海的多种刺胞生物中分离获取4株单克隆虫黄藻株系，并围绕其系统发育学、形态学及多种生理学特征展开了一系列研究。结果表明，4株虫黄藻分别归为Symbiodinium属（A3型，编号：HNUA3-1）、Breviolum属（B1型，编号：HNUB1-1）、Cladocopium属（C1型，编号：HNUC1-1）、Durusdinium属（D1型，编号：HNUD1-1）。光学显微镜及透射电子显微镜观察均显示4种藻株在形态学特征上具有很高的相似性，但比生长速率存在显著性差异，反映出虫黄藻种间的特异性生长特征。其中，藻株Breviolum sp. HNUB1-1比生长速率最高，其细胞密度在第3、5、7天均显著高于其他3种藻株（P <0.05），而藻株Symbiodinium sp. HNUA3-1的比生长速率次之，藻株Cladocopium sp. HNUC1-1与Durusdinium sp. HNUD1-1的比生长速率最低，7 d内的两者细胞密度无显著差异。此外，不同藻株之间的最大光量子产量（Fv/Fm）也存在物种特异性，同等条件下，藻株Durusdinium sp. HNUD1-1的Fv/Fm远低于其他3种藻株，反映了其潜在耐热性的光合生理特征。本研究为丰富我国南海虫黄藻种质资源，明确虫黄藻种间差异及特征提供理论依据，可为我国南海珊瑚礁生态系统的恢复提供基础数据支持。