为了提供保亭近腹吸鳅（Plesiomyzon baotingensis）遗传多样性现状与种质资源保护相关实验数据，采集海南省保亭八村、鹦哥岭、琼中、红军潭和崩岭等5个地理群体共计103尾保亭近腹吸鳅，基于线粒体Cytb基因序列开展遗传多样性分析，结果在1 047 bp的Cytb序列中共检测出58个变异位点和11个单倍型，呈现较高的单倍型多样性（h=0.815）和较高的核苷酸多样性（π=0.024 71）。AMOVA分析显示，保亭近腹吸鳅的大多数遗传差异来自群体间（77.86%）;5个群体间的Fst值为0.779(P <0.01)，种群间的遗传距离0.000 3～0.046 4，其中八村和红军潭群体间遗传距离最大（0.046 4），鹦哥岭和琼中群体遗传距离最小（0.000 3）。中性检验结果显示鹦哥岭群体的Fu’s Fs值为负值（P <0.05），表明鹦哥岭群体可能经历了种群扩张事件。研究发现保亭近腹吸鳅群体核苷酸多样性低，表明其对环境变化的适应能力低；系统发育进化树结果表明，保亭近腹吸鳅的5个地理种群形成了2个谱系。为了更好地保护保亭近腹吸鳅野生资源和遗传结构，建议应重点关注保亭近腹吸鳅的2个线粒体DNA谱系分支。此外，崩岭地理种群在2个遗传谱系中均有分布，且在5个地理种群中含有的单倍型和特有单倍型数量均最多，建议应加大崩岭地区的保护力度。