荔枝GRF基因家族的全基因组鉴定及表达分析

董晨, 郑雪文, 王弋, 全振炫, 李伟才

热带生物学报 ›› 2024, Vol. 15 ›› Issue (02) : 190-197. DOI: 10.15886/j.cnki.rdswxb.20230099

荔枝GRF基因家族的全基因组鉴定及表达分析

  • 董晨, 郑雪文, 王弋, 全振炫, 李伟才
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摘要

为揭示荔枝(Litchi chinensis)GFR基因的功能,对荔枝生长调控因子(LcGRF)基因家族进行了全基因组鉴定和分析,并研究其在荔枝中的表达模式。基于荔枝基因组数据库,使用生物信息学软件对LcGRFs家族成员进行全基因组鉴定,分析基本理化性质、染色体定位、基因结构、进化关系、蛋白保守基序、顺式作用元件和时空表达情况进行系统分析。共获得12个GRF基因,不均匀地分布在10条染色体上,内含子2~5个。蛋白保守基序分析发现,荔枝GRF蛋白均含有保守的motif1(WRC)和motif2(QLQ),进化分析LcGRF划分为5个亚家族,LcGRFs启动子上存在大量的光、植物激素、非生物胁迫响应以及生长发育相关的顺式作用元件。不同转录组表达模式结果显示,各个组织中呈现出多样化的表达特征,表明不同成员可能在荔枝不同生长发育过程中发挥调控作用,参与调节荔枝的生长发育。研究显示,荔枝GRF家族成员有12个,划分为5个亚家族。

关键词

荔枝 / 生长调控因子 / 生物信息 / 表达模式

中图分类号

S667.1

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董晨, 郑雪文, 王弋, 全振炫, 李伟才. 荔枝GRF基因家族的全基因组鉴定及表达分析. 热带生物学报. 2024, 15(02): 190-197 https://doi.org/10.15886/j.cnki.rdswxb.20230099

基金

海南省自然科学基金项目(321MS077); 国家重点研发计划项目(2019YFD1000900); 中央级公益性科研院所基本科研业务专项(1630042022004,1630062023017); 国家荔枝龙眼产业技术体系项目(CARS-32-20)

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