为评估江西省草鱼（Ctenopharyngodon idellus）养殖群体的种质资源现状，本研究采用线粒体D-loop区（309 bp）与细胞色素C氧化酶I(cox1)基因（527 bp）部分序列，对江西省9个草鱼繁育场（新干XG、吉安JA、峡江XJ、大余DY、宁都ND、瑞昌RC、上栗SL、万载WZ、南昌NC）草鱼养殖群体进行遗传多样性分析。结果显示：D-loop区检测到225个多态性位点，分离出27个单倍型；cox1基因检测到73个多态性位点，分离出9个单倍型。两个标记的遗传多样性参数均处于较低水平：D-loop区单倍型多样性（Hd）0.067～0.515，核苷酸多样性（π）0.000 12～0.031 38,cox1基因Hd=0～0.331，π=0～0.007 97。群体结构分析表明，群体间发生了不同程度的分化。遗传分化系数：D-loop区0～0.047 83、cox1基因0～0.181 90。分子方差分析（AMOVA）表明遗传变异主要源于群体内（D-loop区98.82%,cox1基因97.87%）。单倍型网络图与邻接法系统发育树均未呈现地理聚类特征，表明江西9个地区草鱼养殖群体遗传多样性较低，群体间分化匮乏。本研究中9个地区草鱼养殖群体遗传多样性背景，可以为江西草鱼种质资源保护与利用提供参考依据。