萍乡红鲫通体肉红色、鳃盖呈透明状，是产于江西萍乡的优良地方水产种质资源。当前，围绕萍乡红鲫开展的相关研究主要在生长和性别调控等方面，但其透明鳃盖形成的分子机理尚未被揭露。通过显微观察，萍乡红鲫透明鳃盖处存在零散的黄色素细胞，但不存在黑色素细胞和虹彩色素细胞。石蜡切片结果显示鳃盖中心处无色素细胞。进一步选取萍乡红鲫与彭泽鲫鳃盖组织开展RNA-Seq分析，共检测到22 048个表达基因，萍乡红鲫特异性表达基因有3 980个，共筛选出12 105个显著差异表达基因，其中7 242个基因上调表达，4 863个基因下调表达。GO功能富集分析结果表明差异表达基因主要集中在细胞生长等途径。KEGG富集分析主要集中在ECM-受体相互作用、内质网蛋白加工等。萍乡红鲫鳃盖中TYR、TYRP1、PDE3A、PDE5A和GMPR等基因表达量下调，可能会导致黑色素和虹彩色素合成受阻。