为明确微生物肥料对脐橙果实品质的影响，分别施用微生物肥料（microbial fertilizer,MF）和化肥（chemical fertilizer,CF）的纽荷尔脐橙果实为研究对象，测定其主要理化指标，并采用超高效液相色谱串联四级杆飞行时间质谱（UPLC-Q/TOF-MS）研究了汁胞中的代谢物。结果表明：MF组果实的重量、体积、果皮色泽指数，汁胞的可滴定酸、可溶性糖、维生素C、总酚及总黄酮含量均显著高于CF组；UPLC-Q/TOF-MS从汁胞中共鉴定出10类79种代谢物，利用正交偏最小二乘判别分析和单因素方差分析，共37种显著差异代谢物被鉴定出，其中MF组相较于CF组有17种物质含量显著增加，黄酮类物质占比最大，其次是有机酸类物质；利用KEGG通路富集分析共注释到6条代谢途径，包括类黄酮生物合成途径、柠檬酸循环、丙酮酸代谢途径、半乳糖代谢途径、C5-支链二元酸代谢途径和酪氨酸代谢途径。研究结果表明，MF可通过影响相关代谢途径调节果实中有机酸、糖类、酚类、黄酮类等代谢物含量，从而提高脐橙果实品质。