菌藻共生系统能有效控制水体中氮、磷及有机污染，不同波长的光质组合及运行参数对菌藻共生系统的污染物去除能力的综合影响仍需进一步研究。以菌藻共生系统为研究对象，进行光质组合实验，确定最佳的光质组合，并在最佳的光质条件下选取光照度、菌藻接种比（干重比）、光照时间3个因素设计正交实验，通过矩阵分析法进行独立极差分析，构建权矩阵探究菌藻共生系统高效去除污染物的最佳运行条件。结果表明：红蓝光（8:2）为蛋白核小球藻发挥污染物去除性能最佳的光质，采用光照度4 000 lx,菌藻接种比1:5,光照时间9 h·d^-1的最佳运行条件时，红蓝光（8:2）菌藻共生系统化学需氧量、总氮、总磷的去除率分别达到90.0%、79.1%、81.9%。