为解决机械系统传动方案的综合评价及优化难以高效评判的问题，采用模糊层次分析法和遗传算法相结合的评价方式，获取适合机械系统的最佳传动方案，并通过齿轮减速器传动方案设计作为验证实例。基于模糊层次分析理论综合评价法确定权重及量化评价指标，通过遗传算法选择传动方案并对其进行评价，最后进行决策并输出最佳传动方案。通过该方法构建了齿轮减速器传动方案智能设计系统模型，通过对知识的获取、推理机制和控制策略输出传动方案的总体设计并对其进行优化决策，以输出符合要求的最优齿轮减速器传动方案。利用MATLAB图形用户界面设计框实现了基于知识的齿轮减速器传动方案智能优化与决策系统的设计开发，通过搭建优选系统建立了各模块之间的逻辑关系，实现了信息输入和方案输出的功能。以齿轮减速器的设计为例，通过验证和分析，能有效地对方案进行评价和优选，证实该系统的可用性、合理性。