大麦主要农艺性状的全基因组关联分析

姚丽霞, 刘丽苹, 万广有, 王化俊, 汪军成, 姚立蓉, 李葆春, 孟亚雄

麦类作物学报 ›› 2025, Vol. 45 ›› Issue (06) : 749-763.

大麦主要农艺性状的全基因组关联分析

  • 姚丽霞, 刘丽苹, 万广有, 王化俊, 汪军成, 姚立蓉, 李葆春, 孟亚雄
作者信息 +
History +

摘要

本研究以240份大麦品种(系)为材料,利用大麦40K SNP芯片进行基因型分析,并通过一年两点对8个农艺性状进行鉴定,基于混合线性模型(mixed linear model, MLM)进行全基因组关联分析(genome-wide association study, GWAS)。结果表明,8个主要农艺性状均呈现正态分布。使用Admixture软件对240份大麦品种(系)质控后的基因型进行群体结构分析,240份材料大致分为10个亚群。GWAS共检测到118个分别与株高、穗长、芒长、有效分蘖数、总分蘖数、穗粒数、穗粒重和千粒重显著相关的SNP位点,分布在1H、2H、3H、4H、5H、6H和7H染色体上,其中有6个SNP位点可同时控制两个农艺性状,2个SNP位点可同时控制3个农艺性状。确定了24个与SNP位点对应的QTL,其中控制株高的QTL有2个,穗长QTL有1个,芒长QTL有2个,有效分蘖数QTL有2个,总分蘖数QTL有1个,穗粒数QTL有4个,穗粒重QTL有10个,千粒重QTL有8个。在黄羊和永昌环境点中,稳定的QTL有1个,株高、穗长、有效分蘖数和总分蘖数只在一个环境点存在QTL位点,其余4个农艺性状分布在两个环境点不同的QTL位点中。根据关联分析结果,以显著位点上下游150 kb范围作为置信区间,在1H、2H、3H、4H、5H和6H染色体上共寻找到32个基因,基于前人研究和Blast基因注释共筛选到2个最有可能与大麦的生长发育等方面相关的候选基因。

关键词

大麦 / 农艺性状 / 全基因组关联分析 / SNP标记 / QTL

中图分类号

S512.3

引用本文

导出引用
姚丽霞, 刘丽苹, 万广有, 王化俊, 汪军成, 姚立蓉, 李葆春, 孟亚雄. 大麦主要农艺性状的全基因组关联分析. 麦类作物学报. 2025, 45(06): 749-763

基金

国家大麦青稞产业技术体系项目(CARS-05-03B-03); 国家自然科学基金项目(31960426); 自然科学基金重点项目(24JRRA637)

评论

Accesses

Citation

Detail

段落导航
相关文章

/