小麦抗叶锈基因Lr3ka是一个苗期抗病基因，对中国多数叶锈菌生理小种有较高水平抗性。为了解更多Lr3ka基因信息，本研究利用叶锈菌生理小种FHJR对小麦RL6007（携带Lr3ka）、Thatcher及其后代F₂群体进行苗期抗叶锈病鉴定，结合遗传分析及分子标记对Lr3ka进行染色体定位。结果表明，在苗期，RL6007表现抗病，Thatcher表现感病，其后代F₂群体出现分离，卡方检测抗感单株个数符合1∶3的分离比例（χ²=1.362,P=0.243>0.05）,推测Lr3ka是一个隐性主效抗叶锈基因。基于中国春参考基因组（IWGSC v2.1）开发了100个SSR标记，利用抗感亲本间的多态性筛选到5个标记，分别为ZBSF6BL-5、ZBSF6BL-12、ZBSF6BL-61、ZBSF6BL-99、ZBSF6BL-100;利用5个分子标记检测F₂群体，将Lr3ka基因定位于6BL染色体上，位于ZBSF6BL-61和ZBSF6BL-99之间，遗传距离均为0.1 cM;对应中国春参考基因组序列v2.1物理区间716.2～730.7 Mb。开发的SSR分子标记可以用于该基因的分子标记辅助选择，Lr3ka的定位可为其进一步利用提供参考。