二系杂交小麦是中国目前杂交小麦的主要类型。为解析二系杂交小麦亲本之间的遗传多样性和亲缘关系，本研究利用小麦90K SNP(single nucleotide polymorphism)芯片对123份二系杂交小麦亲本进行全基因组扫描，分析品种间的遗传距离及多样性。结果表明，小麦21条染色体上SNP位点的多态性比率达到82.40%。每条染色体分布895～6 165个多态性位点，这些多态性位点在亚基因组间分布呈现B>A>D,在7个同源群间的分布呈现5>3>1>2>7>6>4。123个杂交小麦亲本间的遗传距离为0.001～0.513,平均为0.369。其中60个不育系的遗传距离在0.001～0.499之间，平均为0.324; 63个恢复系的遗传距离在0.002～0.513之间，平均为0.372;60个不育系与63个恢复系之间的遗传距离在0.225～0.511之间，平均为0.387。聚类分析可将所有材料分为4个不同类群。综合SNP和供试材料类型分析，不育系与恢复系之间的遗传距离最大，其次是恢复系之间，不育系之间遗传距离最小。基于遗传距离和亲缘关系分析发现，供试二系杂交小麦亲本遗传差异整体偏小，部分亲本有近交趋势，需要拓宽遗传基础和增加亲本的遗传多样性，以提高杂交小麦育种水平。