为了探究区域自主创新效率，提升国家竞争力以及综合实力，本文根据区域自主创新的特性，将区域自主创新分为研发和转化两个动态阶段，利用3阶段DEA模型，剥离了外部环境因素和随机误差因素的影响，在相同环境下对我国30个区域的自主创新2个阶段的效率水平进行测量，并探讨了其影响因素.研究结果表明:第一，我国区域自主创新效率差别相对较大，存在区域发展不平衡的问题;第二，环境等因素的存在使得研发和转化2个阶段规模效率值被高估，从而导致其相应的综合技术效率被高估，大部分区域的规模报酬处于递增状态，创新规模不足限制了区域自主创新效率的提升;第三，我国区域自主创新效率转化阶段均值略高于研发阶段，研发阶段是提升区域自主创新效率的关键;第四，我国区域自主创新效率主要受到环境因素的影响，具体表现为:政府支持力度增加有助于提升区域自主创新整体效率，劳动者素质提高不利于区域自主创新转化阶段效率的提升，外国直接投资阻碍了区域自主创新整体效率，研究机构投入有助于提升区域自主创新研发阶段效率，相对阻碍了转化阶段效率.最后，本文根据以上研究结论提出了提升区域自主创新效率的政策建议.