为探究海洋解淀粉芽孢杆菌(Bacillus amyloliquefaciens)PDA46对番茄幼苗生长发育的影响，试验首先采用盆栽灌根的方式检测菌株PDA46对番茄幼苗鲜质量、干质量以及根鲜质量、干质量的影响，之后采集茎尖幼嫩叶片进行转录组测序，并通过GO富集和KEGG通路富集分析海洋细菌PDA46作用下番茄幼苗差异基因的表达与调控。结果表明：海洋生防细菌PDA46对番茄植株有较好促生作用，5.75×10～8 CFU/mL浓度的发酵液促进效果显著高于5.75×10～4 CFU/mL。与对照组相比，番茄幼苗鲜质量、干质量以及根鲜质量、干质量分别显著增加24.3%,10.7%,48.2%,33.3%(P<0.05)。茎尖叶片转录组分析发现了1 576个差异表达基因(DEGs)。GO富集分析中发现DEGs主要富集在细胞支架、微管细胞骨架、核酸酶活性、细胞周期等；KEGG通路富集分析中发现DEGs主要富集在碳代谢、植物激素信号传导、丙酮酸代谢、苯丙氨酸代谢、脂肪酸降解等代谢途径。综上所述，海洋细菌PDA46能显著促进番茄幼苗生长，促进与植物生长相关基因和抗病基因差异表达。该试验可为海洋微生物菌剂的研发提供新的菌株资源。