为了探究鱼源枯草芽孢杆菌J5在不同发酵条件下对棉粕中抗营养因子去除效果和棉粕营养组分影响，以鱼源枯草芽孢杆菌J5为发酵菌种，依据温度、湿度、接种量和发酵时间设计4因素3水平正交试验L9(3～4)。结果表明，温度30℃,湿度60%,接种量5%,发酵4 d,游离棉酚脱毒率最高达94.8%,植酸含量显著下降，同时发酵后棉粕中粗蛋白含量显著上升。以游离棉酚、植酸、粗蛋白主效应分析结果得到的3组发酵条件发酵后，与未发酵组相比发酵棉粕中氨基酸含量和组成均优于其他组别。因此，鱼源枯草芽孢杆菌J5对棉粕最适发酵条件为温度30℃、湿度60%、接种量5%、发酵时间4 d。