《覆载万安方》因其所引文献时间和内容跨度都很广，保存了丰富的文献资料，具有非常重要的文献价值。《覆载万安方》中有十四类疾病的内容对《诸病源候论》内容有所参引，其中通过《幼幼新书》参引的儿科内容为主要部分；其他各类疾病中的明确引用都在十次以内，较多的有妇人、血证和泻药门类。通过将《覆载万安方》中引用《诸病源候论》情况与今本《诸病源候论》做文献对比，发现了未见于元刊本《诸病源候论》之内容2例，异于元刊本《诸病源候论》之内容10例。这些存异之处，为后世学者做文献和医史研究提供了重要史料，为今人探寻古籍原貌的工作提供有效补充。