目的 探究清热愈疡汤治疗溃疡性结肠炎的效果，分析其组方对患者肠道菌群和炎症因子的影响。方法选取上海中医药大学附属曙光医院肛肠科2021年1月-2022年9月收治的溃疡性结肠炎患者100例，按随机数字表法将患者分成观察组与对照组，各50例。对照组采用常规治疗，观察组在常规治疗的基础上采用清热愈疡汤灌肠治疗。比较2组患者的临床疗效、治疗前后的肠道菌群、炎症因子[肿瘤坏死因子-α(tumor necrosis factor-α,TNF-α)、单核细胞趋化蛋白-1(monocyte chemotactic protein 1,MCP-1)、白细胞介素-10(interleukin10,IL-10)]水平、中医证候积分、Baron内镜积分、梅奥（Mayo）评分以及不良反应的发生情况。结果 观察组的治疗总有效率（92.00%）较对照组（82.00%）明显提高，差异具有统计学意义（P <0.05）。治疗后较治疗前，2组双歧杆菌水平上升，乳酸杆菌、肠杆菌、肠球菌水平均下降，且观察组较对照组的双歧杆菌水平上升明显，乳酸杆菌、肠杆菌、肠球菌水平下降明显，差异具有统计学意义（P <0.05）。治疗后较治疗前2组TNF-α、MCP-1水平均下降，IL-10水平上升，且观察组较对照组的TNF-α、MCP-1水平下降明显，IL-10水平上升明显，差异具有统计学意义（P <0.05）。治疗后较治疗前2组的中医证候积分、Baron内镜积分及Mayo评分均下降，且观察组较对照组的中医证候积分、Baron内镜积分及Mayo评分下降明显，差异具有统计学意义（P <0.05）。观察组的不良反应总发生率（2.00%）较对照组（14.00%）明显降低，差异具有统计学意义（P <0.05）。结论清热愈疡汤在溃疡性结肠炎中的治疗效果较好，能够调节患者肠道菌群紊乱，减轻炎症反应，且安全性较好，值得临床推广应用。