为探寻吴佩衡疫病防治思想，本研究以吴佩衡所撰著作为研究对象，分析瘟疫辨治思路与用药特点，发现吴佩衡疫病辨治思路有“洞达阴阳，精辨寒热”“羽翼伤寒，崇尚经方”“明辨疠气，输转膜原”“注重配伍，善用主帅”等特点；临床善于活用吴又可达原饮与仲景白虎汤、大小承气汤、生脉散等经典方剂；常以主帅中药石膏、大黄、芒硝、黄连灵活配伍治疗各阶段疫病。吴佩衡以《黄帝内经》阴阳理论、仲景伤寒六经气化思想、吴又可疫病辨治体系为指导，为疫病的有效辨治做出了贡献。