为优化深空通信质量，提出了深空通信网络码间干扰多尺度时序抑制算法。首先，根据深空通信结构，明确了深空通信过程中，通信信号在通信信道中的传输模式，进而建立了深空通信网络信道模型。利用FFT算法对深空通信网络信道内的通信信号展开多尺度分析，并将传输信号从时域变换至频域；引入门限值算法，通过信号频域内幅值的遍历，实现码间干扰频点的判定。结合盲均衡算法与最小均方算法，构建盲均衡器，通过对通信信号自身序列的均衡处理，实现深空通信网络的的码间干扰多尺度时序抑制。实验表明：本文方法能在保证接收端信号接收质量的同时，减少深空通信网络的码间干扰，为深空通信数据的有效传输提供重要保障。