基于深度学习的核糖核酸二级结构预测方法

刘元宁, 臧子楠, 张浩, 刘震

吉林大学学报(工学版) ›› 2025, Vol. 55 ›› Issue (01) : 297-306. DOI: 10.13229/j.cnki.jdxbgxb.20230267

基于深度学习的核糖核酸二级结构预测方法

  • 刘元宁, 臧子楠, 张浩, 刘震
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摘要

本文提出了一种基于深度学习的方法 UCEfold,用于预测核糖核酸(Ribonucleic acid,RNA)二级结构。UCEfold是一种同时采用“序列”和“图像”作为深度学习模型输入提取隐藏特征的全新方法,并在模型中加入一定的先验知识提高预测精度。在RNAStralign和ArchiveⅡ两个数据集上测试UCEfold模型,结果表明UCEfold性能显著优于传统方法,能够更准确地预测带假结的RNA序列,并具有较强的泛化能力,有效解决了传统算法复杂度高、效率低下且无法预测假结的瓶颈。

关键词

计算机应用 / 深度学习 / 核糖核酸二级结构预测 / 假结 / 注意力机制

中图分类号

Q522 / TP18

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刘元宁, 臧子楠, 张浩, 刘震. 基于深度学习的核糖核酸二级结构预测方法. 吉林大学学报(工学版). 2025, 55(01): 297-306 https://doi.org/10.13229/j.cnki.jdxbgxb.20230267

基金

吉林省自然科学基金项目(YDZJ202101ZYTS144)

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