针对航班时刻资源配置问题，采用分层调度策略，引入时刻价值指标，构建了一个多层次、兼顾公平性与效率性的双目标模型，以深入探究两者之间的内在联系与优化平衡。通过对某Level 3协调机场的历史数据进行验证，模型的有效性得到了充分证明。进一步分析不同层次、航空公司及日期类型下的时刻调整情况，揭示了调度过程中的复杂性。同时，提出过载分配的概念，并通过容忍度参数重新定义偏移时刻量评估标准，探讨了最优容忍度水平对调度结果的影响。结果显示，相较于单目标模型，双目标模型在总偏移时刻量微增0.30%、最大偏移时刻量增加3.28%的情况下，公平性提升26.00%，且各航空公司调整水平更均衡，历史时刻请求更易实现公平调度。工作日偏移时刻量低于非工作日，公平性更优（0.02%）。周六偏移时刻量最高，公平性最差（1.11%）。相对最优容忍度为2个时刻，可降低47.78%的过载分配。研究结果为航班时刻优化提供了新思路，对航空公司申请编制具有重要参考价值。