本研究旨在研究笼养河谷藏鸡(HGZJ)与白来航鸡(BLHJ)肠道细菌群落分布特征,探究相同饲养模式下两个不同品种鸡肠道内微生物菌群的组成及其差异。随机收集藏鸡组(I组、II组),白来航鸡(Ⅲ组、Ⅳ组)的新鲜粪便各3份,应用16SrRNA基因V3-V4可变区进行高通量测序,研究笼养河谷藏鸡与白来航鸡粪便样品细菌群落组成与结构特征。结果表明:在门水平上,厚壁菌门(Firmicutes)在HGZJ、BLHJ中都是优势种群,相对丰度分别为53.53%和76.18%。在科水平上,乳杆菌科(Lactobacillaceae)、肠杆菌科(Enterobacteriaceae)、螺杆菌科(Helicobacteraceae)和莫拉菌科(Moraxellaceae)在HGZJ中含量较高,分别占到总菌落种群的30.14%、12.87%、8.04%和11.20%;乳杆菌科(Lactobacillaceae)在BLHJ中含量较低,仅为0.3%;梭菌科(Clostridiaceae)和毛螺菌科(Lachnospiraceae)在BLHJ中含量较高,分别为29.06%和14.74%,相反,梭菌科(Clostridiaceae)在藏鸡中含量较低,占到总菌落种群的13.37%。在属水平上,BLHJ样品中检测到47个属,其优势属为Clostridium sensu stricto(梭菌属);HGZJ中40个属,其优势属为Lactobacillus(乳酸菌属)。从细菌群落热图可以看出,BLHJ和HGZJ细菌群落结构有一定的差距性。本研究发现在同样的饲养条件下的笼养河谷藏鸡与白来航鸡,肠道细菌群落结构存在一定的差异。