在国际海事组织(IMO)的减排战略和政府减排政策推动下，航运公司开始改造船舶以使其使用绿色燃料。但船舶在改造期间无法完成运输任务，无形中阻碍了船舶改造计划。在该背景下，航运公司以船队联盟方式进行合作，通过协调运输任务，提高船舶改造率。针对上述问题，建立双层规划模型，其中，上层以联盟整体经济效益最大化为目标，下层以实现班轮运输利润最大化为目标。该模型为由三家联盟公司和班轮运输任务组成的多领导者-单跟随者博弈，形成具有均衡约束的均衡问题(EPEC),利用KKT条件将模型转化为多个均衡约束规划问题(MPEC),采用对角化算法(DM)求解，并对联盟效果进行了灵敏度分析。结果表明，该模型与求解方法具有可行性，可为航运脱碳提供新思路。