利用RNA-seq技术，对不同碳源条件下培养的生孢噬纤维菌CX11进行新转录本预测，实时荧光定量PCR结果表明测序数据可信度较高。共发掘新转录本1 298个，其中371个新转录本在不同碳源比较组合中差异表达(p<0.05),差异转录本数目与碳源的复杂度成正相关。共有19个新转录本在滤纸和葡萄糖比较组合中的差异倍数超过8倍，且在其他比较组合中差异倍数明显降低，推测这些新转录本与滤纸的前期降解密切相关。GO功能分析显示437个新转录本获得注释，有机物代谢过程、碳水化合物衍生物结合、氧化还原酶活性、水解酶活性等功能显著富集，原位酶活测定结果表明水解酶活性富集合理可信。KEGG通路分析表明，共有296个新转录本富集到氨基酸生物合成、次级代谢产物生物合成、碳代谢、氧化磷酸化、ABC转运蛋白、群体感应等30条代谢通路中。