实验室前期从茶园土壤中筛选到一株高效咖啡因降解菌CF1。为了寻找菌株CF1降解咖啡因的功能基因，对有无咖啡因添加条件下菌株CF1的转录组进行测序，并进行了差异转录组分析。结果显示，共得到4 871条Unigene序列，以菌株CF1的全基因组为模板，96.96%的序列可得到注释。组间差异基因分析结果显示，添加咖啡因条件下上调基因为123条，而下调基因为2 669条。在上调基因中，112条基因编码在染色体上，11条基因编码在巨型质粒上。通过Blast比对和关键酶酶活测定，证明了这11条编码在质粒上的基因与咖啡因降解功能直接相关，且聚集排布形成一条咖啡因降解基因簇。