为探究青贮玉米真菌性病害对青贮发酵微生物多样性的影响，以CK(未发生任何病害的青贮玉米)、YLG(发生链格孢叶斑病青贮玉米)、YM(发生麦根腐平脐蠕孢叶斑病青贮玉米)、YL(发生瘤黑粉病青贮玉米)、YX(发生锈病青贮玉米)为研究对象，每个处理3个重复。青贮发酵40 d后，采用Illumina扩增子测序技术分析各样品微生物多样性。分析发现各青贮玉米样品微生物结构由6门、50目、164属真菌和11门、43目、123属细菌组成。真菌群落中子囊菌门和担子菌门是各样品优势菌门，在各样本中的总丰度达90%以上；镰刀菌属和念珠菌属丰度在发生病害组高于未发生病害组，青霉菌属和曲霉菌属丰度在发生麦根腐平脐蠕孢叶斑病和锈病组高于未发生病害组，发生病害的青贮玉米中威克汉姆酵母属丰度均低于健康组。细菌群落中厚壁菌门和变形菌门是各样品优势菌门，在各样本中的总丰度达99%以上；未发生病害组中肠球菌属、魏斯氏菌属丰度均高于发生病害组；链球菌属仅出现在未发生病害组中，相对丰度为0.003%。本研究明确了不同病害玉米青贮样本中微生物群落结构及各优势菌属，并发现真菌性病害会导致致病菌丰度增加，使得肠球菌属、魏斯氏菌属、链球菌属丰度降低，破坏青贮发酵环境，影响发酵过程正常进行，从而可能导致青贮饲料品质下降，为后续青贮玉米品质研究提供了理论依据。