扇穗茅是青藏高原特有的一种具有重要生态和经济价值的禾本科草本植物，开发稳定高效的微卫星(SSR)分子标记可为其遗传多样性、系统发育和物种分布格局等研究提供重要的技术手段。本研究基于Pacbio测序平台获得扇穗茅全长转录组30624条Unigene序列，利用MISA软件搜索到14089个SSR重复序列，SSR发生频率为33.85%；通过对SSR位点特征分析发现，SSR位点包含6种核苷酸重复类型，其中单、二、三核苷酸占所有核苷酸类型的97.35%，为主要重复类型；3种主导基序类型中，三核苷酸所形成的基元类型数目最多，共检测到10个基元类型，其中CCG/CGG基元类型占优，共形成1736个SSR位点，占三核苷酸总SSR位点的31.32%；随机挑选12个不同居群的扇穗茅样本对合成的160对引物进行PCR扩增和琼脂糖凝胶电泳检测，最终获得扩增稳定、具特异性的15对SSR引物。基于扇穗茅27个居群、81个个体，对15对SSR引物多态性进行了分析，共扩增出132个观测等位基因，平均每对引物扩增出8.8个观测等位基因，有效等位基因数(Ne)、Shannon’s信息指数(I)、多态性信息含量(PIC)、观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)平均值分别为4.7799、1.6959、0.7270、0.8575和0.7648。基于Nei’s遗传距离利用UPGMA方法进行聚类分析，结果表明，扇穗茅居群间和居群内个体间存在明显的系统亲缘关系，不同居群间遗传距离可能和地理距离相关。本研究开发的15对SSR引物遗传多样性丰富，可为扇穗茅种质资源遗传变异研究提供更加有效的标记选择。