探究玉米不同组织微环境与内生菌多样性的关系，对筛选玉米相合性促生菌或生防菌等功能微生物具有重要意义。采用高通量测序技术研究玉米不同器官组织内生细菌和真菌群落多样性，结果表明，玉米内生细菌群落由31个门，93个纲，192个目，340个科，404个属组成。变形菌门和厚壁菌门为优势细菌门，毛螺菌属、根瘤菌属、肠杆菌属及鞘氨醇单胞菌属为优势细菌属，且部分内生细菌表现出不同程度的器官偏好性，表明部分细菌种群存在组织微环境内生专一性。对比各器官组织优势细菌属，根部独有的细菌属是细球菌属和绒毛杆菌属；籽粒中独有的细菌属是葡萄球菌属、绒毛杆菌属、代尔夫特菌属、短波单胞菌属、链球菌属和狭窄梭菌属；叶中独有的细菌群主要是假单胞菌属。玉米根、茎、叶微生物群落组成具有相似性，但与籽粒差异较大。玉米内生真菌群落由12个门，37个纲，84个目，187个科，404个属组成。子囊菌门、担子菌门和壶菌门为优势真菌门，被孢霉属和镰刀菌属为优势真菌属，罗兹菌门是根部独有的优势真菌群。玉米茎、叶和籽粒器官组织间真菌群落组成差异较小，但与根部差异较大。综上，玉米器官组织对内生菌的分布具有较大的影响，不同器官组织内生细菌群落组成差异显著，内生真菌群落组成差异不明显。