采用盆栽试验研究3株内生细菌对丹参生长、生理及药用品质的影响，为丹参微生物肥料的开发提供备选菌种资源。将从丹参根部分离出的3株内生菌（MesorhizobiumamorphaeB546、BacillusthuringiensisNB49、B.thuringiensis Bt12）对其幼苗进行灌根处理，测定处理后不同时间（7、14、28、42、56 d）的生长和生理指标，并于采收期测定其根内8种活性成分含量。结果表明，3株内生菌均可显著促进丹参生物量的积累，处理56 d后，主根直径、地上及地下部分干重均较对照（CK）显著增加（P<0.05），为CK的1.21～2.49倍。内生菌处理对丹参的生理指标具有显著影响，其中B. thuringiensis Bt12的促进效果最佳，在处理42 d后，可溶性糖、可溶性蛋白、总叶绿素、玉米素（ZT）、6-苄氨基嘌呤（6-BA）和生长素（IAA）为CK的1.36～2.18倍。3株内生菌对丹参活性成分的积累有不同影响，其中B. thuringiensis Bt12可显著促进总丹参酮及总丹酚酸的积累，含量分别为CK的2.10和1.37倍；M.amorphae B546与B. thuringiensis NB49能促进总丹参酮的积累，含量分别为CK的1.08和1.34倍，但抑制了酚酸类物质的合成，总酚酸含量分别为CK的92.21%和69.29%。因此，供试的3株丹参内生菌对丹参的生长、生理代谢和活性成分的积累均具有显著影响，其中以B. thuringiensis Bt12的促进效果最为显著，可作为丹参专用微生物肥料开发的备选菌种资源。