随着高通量测序技术的迅猛发展，测序成本大幅降低，测序速度和数据质量均得到了显著提升，极大地推动了紫花苜蓿基因组的深入研究，进而也为紫花苜蓿不同性状关联的分子标记开发提供了重要基础信息。插入/缺失（insertion/deletion, InDel）多态性标记因其分布广泛、密度高、遗传稳定以及重复性强等优点而受到关注，然而目前其在紫花苜蓿中的研究及应用仍十分有限。本研究基于国内外80份紫花苜蓿材料的基因组重测序数据，通过与紫花苜蓿“中苜1号”参考基因组序列比对挖掘InDel变异位点，开发与高蛋白和高产性状相关的InDel标记。结果表明，在全基因组范围内设计的40个标记中，经聚合酶链式反应（polymerase chain reaction,PCR）验证后，成功开发出29个多态性标记，多态性比率达到72.5%。其中，已开发的InDel＿25和InDel＿39标记可分别用于高产和优质紫花苜蓿材料的鉴定。本研究开发的InDel标记可结合传统育种方法，有望加速高产、优质紫花苜蓿新品种的培育。