土壤盐渍化严重影响植物的生长和产量，限制农业生态经济的发展。鹰嘴紫云英作为优良生态草种、高效绿肥作物和优质蛋白饲草，探究其对NaCl胁迫适应性的分子机制，对提高鹰嘴紫云英的耐盐性，促进其在盐渍土中的栽培具有重要意义。本研究对NaCl胁迫下不同时间点（0、12、48和72 h）的鹰嘴紫云英根系进行转录组学分析，以探究鹰嘴紫云英对NaCl胁迫的响应机制。结果表明，与0 h相比，NaCl胁迫处理12、48和72 h后鹰嘴紫云英根系中分别有46051、45653和42869个差异表达基因，包括上调基因8027、10053和11042个，下调基因38024、35600和31827个。GO富集和KEGG富集显示，鹰嘴紫云英根系主要通过氧化还原酶活性、类黄酮生物合成和苯丙素生物合成等通路来响应NaCl胁迫。通过趋势分析，发现苯丙素生物合成和类黄酮生物合成通路的差异基因在胁迫处理48 h上调表达或恢复到初始量。C2H2、C3H、NAC、MYB、WRKY和bZIP等转录因子在胁迫处理不同时间点下均有表达，可能与鹰嘴紫云英的耐盐性密切相关。本研究结果为进一步探究鹰嘴紫云英耐盐机制提供了基础数据，也为后续提高鹰嘴紫云英的耐盐性提供了理论支撑。