【目的】明确珍稀濒危植物伯乐树的种群结构和遗传多样性，为制定有效的保护措施和管理策略提供科学依据。【方法】根据仙霞岭自然保护区野生伯乐树全面调查数据，使用静态生命表、存活曲线等对伯乐树径级结构进行分析。对16株伯乐树样品进行全基因重组测序，基于SNP标记计算了仙霞岭伯乐树种群的核苷酸多态性、Tajima’s D值、观测杂合度和期望杂合度。【结果】（1）根据每木检尺数据对伯乐树种群划分径级，第Ⅰ径级株数最多，种群结构总体呈增长型；（2）仙霞岭伯乐树种群核苷酸多样性为0.000 155±0.000 112，平均观测杂合度为0.125 021，平均期望杂合度为0.251 483，小于其他地区的种群，种群内遗传多样性处于较低水平；（3）增长型的种群结构与遗传多样性没有显著的相关性。【结论】仙霞岭自然保护区伯乐树种群径级结构完整，在未来气候变化背景下该地区伯乐树种群数量呈上升趋势，但遗传多样性水平较低。今后在珍稀濒危物种伯乐树保护工作中，应该积极开展种质资源保护，避免因遗传多样性丧失造成种群衰退。