【目的】研究不同病斑等级的西伯利亚红松针叶中内生真菌的多样性和菌群结构，为西伯利亚红松生物防治提供理论依据。【方法】对西伯利亚红松针叶中的真菌进行高通量测序，并进行α和β多样性分析，利用Spearman相关性系数分析真菌间相关性，采用FUNGuild数据库预测真菌营养类群。【结果】（1）α和β多样性分析表明，健康针叶内生真菌多样性丰富。与感病针叶相比，内生真菌多样性存在显著差异，而不同病斑等级的针叶多样性差异不显著，在发病后期针叶内生真菌群落多样性相似度较高。（2）真菌群落LEfSe分析表明健康叶片样品组中的差异指示类群最多（19个）。（3）群落结构分析表明，与感病针叶内生真菌群落结构相比，健康针叶中内生真菌群落结构较复杂，其中镰刀菌属占主要地位；不同病斑等级的西伯利亚红松针叶真菌群落结构也存在差异，其中在轻度染病的针叶中43.94%的优势内生真菌为拟青霉属；随着病斑等级的加深，优势内生真菌为穴褥盘孢属。（4）已染病的针叶与健康针叶相比，内生真菌营养类群发生明显变化，健康针叶内生真菌群落营养类型相对丰度较为均匀，随着病斑等级的增加，针叶内生真菌群落营养型从病理型向腐生型转变，且存在大量未知功能菌群。【结论】在不同病斑等级的西伯利亚红松针叶内，内生真菌的多样性及其菌群结构存在显著差异（P <0.05）。在健康的针叶内，内生菌的多样性指数最高、指示类群最多。但是随着病斑面积的增加，针叶中的营养型内生真菌从病理型真菌向腐生型真菌转变。